Till en början var landet ett
FN-mandatområde och var
USA:s Stillahavsprotektorat. Till skillnad från Mikronesiska federata staternas nuvarande flagga använde man då, från år 1962, en liknande men istället för fyra femuddiga stjärnor hade man sex stjärnor. Dessa stod för Palau, Chuuk (dåvarande Truk), Marshallöarna, Yap, Pohnpei och Nordmarianerna. De sistnämnda fick sitt egna självstyre den 1 april år 1976 och minskandet av antalet stjärnor i flaggan kom att bli pga att
Palau och
Marshallöarna valde att inte ingå i de Mikronesiska federata staterna.
Den blåa färgen är en symbol för just Stilla havet.