Flaggan blev officiellt antagen den 6 april år 1862. Under en längre tid var landet utan en gemensam nationsflagga. Under medeltiden fanns det bara enskilda flaggor för de olika kantonerna, eller delstaterna, i landet. Flaggan grundar sig lite på kantonen från Schwyz som användes som ett gemensamt fälttecken under slagen vid Laupen år 1339. Sedan korstågens tid har dock Schweiz använt ett vitt grekiskt kors på en rödfärgad flagga.
Röda korsets symbol är baserad på den schweiziska flaggan. Nationsflaggan är kvadratisk, som Vatikanstatens flagga, och det är ganska ovanligt då de flesta flaggor antar en mer rektangulär form. Deras handelsflagga är dock inte kvadratisk.