Flaggan är en mindre omarbetning av den som användes av befrielserörelsen MLSTP (Movimento de Libertação de São Tomé e Príncipe) år 1972. Landet var en
portugisisk koloni från 1400-talet till och med år 1974. Skillanden på de två flaggorna är att de två gröna och det mittersta gula bandet är lika breda i MLSTP:s flagga. I nationsflaggan är de två gröna banden aningen smalare än det gula.
Stjärnorna i flaggan står för de två öarna São Tomé och Príncipe. Färgerna är de tradtionella panafrikanska färgerna. Den röd trianglen står för blodet som offrats i kampen för friheten. Flaggan antogs den 5 november år 1975.