Flaggan blev först erkänd som San Marinos statsflagga av Napoelon år 1799. Officiell nationsflagga blev den inte förrän den 6 april år 1862, det året som landet ingick i ett avtal med det nybildade kungariket
Italien. Den vita färgen står för snön som täcker bergstoppen av Monte Titano och den blå färgen är den klara himlen.
På statsflaggan finner man även statsvapnet. De tre tornen i statsvapnet står för tornen i huvudstaden som är omgiven av en mur högst uppe på berget Titano. Kronan är en symbol för statens suveränitet. På det vita bandet står det Libertas och står för friheten hos många av historiens förföljda som funnit i San Marino.