Färgerna rött och blått i Panamas flagga står för de två dominerande partier inom landet, de liberala och de konservativa, vid den tidsperiod som flaggan blev antagen. Den vita färgen symboliserar i att de båda partierna verkade på ett fredligt sätt med fredliga avsikter.
Deras första flagga, som självständigt land, påminde om den
amerikanska flaggan. Den hade vågräta linjer i rött och gult, och ett blått fält i kantonen med två solar som var sammanlänkade med ett gult band. Dessa representerade de båda världshaven och dess förbindelse via Panamakanalen. Landets dåvarande president, Manuel A. Guerrero, fördrog sin sons ritning vilket är den nuvarande flaggan. Den antogs den 3 november år 1903.