De röda fälten i Burundis flagga står för frihetskampen, de två gröna symboliserar hopp och den vita färgen är för fred. De tre stjärnorna som finns i mitten på flaggan står för de tre orden i landets valspråk, unité, travail, progrès (enighet, arbete och framsteg).
Burundi blev en självständig monarki 1962. Landet hade då en liknande flagga, men istället för stjärnorna fanns där två symboler i form av en durraväxt och en karyenda, som är en slags trumma. Karyendan står för kungamakten, och togs därför bort när landet blev en republik år 1966. Ett år senare ersatte man durraväxten med de tre stjärnorna.