Flaggan kommer ursprungligen från frihetsrörelsen Frelimo. Den första flaggan sedan självständigheten såg likadan ut som Frelimos, bortsett från emblemet som än idag finns på flaggan i en uppdaterad version där man bytt ut hjulet till en stjärna. Moçanbique och
Guatemala är de enda länder med ett eldhandvapen på sin flagga.
Färgerna i flaggan symboliserar följande: grönt är för jordens rikedomar, svart är den
afrikanska kontinenten, gult är de underjordiska tillgångar till mineraler, vitt är symbolen för fred och rött är kampen om frihet och självständighet. I emblemet står stjärnan för solidaritet och socialism, boken representerar utbildning, hackan är för bönderna och deras jordbruk och vapnet är slutligen nationens beslutsamhet i att försvara friheten.